本科院校属于非211大学，专业也不是一本，想问一下这样的背景会影响我申请日本留学读研吗？

日本考研制度与欧美不同，你国内本科背景只是一个参考因素，日本的大学是有自己有专业考试的，所以如果你的日语、托福成绩高，校内考试面试发挥好，依然可以成功申请日本名校读研。