没有高中毕业证，有自考本科学历，也可以申请报考日本大学吗？

可以，但需要有一些准备。
有一些大学是直接认可你自考本科的文凭，通过资格审查就可以了。有些则一定要高中在校三年成绩才行。这种情况下需要在日本参加一个考试，叫高卒認定試験，这个考试合格的话就可以报考所有的大学了。另外，你本科学历有没有学位证？要是有学位证的话可以直接考大学院。