本人大3，想去日本读研，但是本科挂科了一次，会不会影响申请？

申请日本的研究生提交材料里需要日本国内本科的学士学位证,不影响你拿学位证就没有关系。
本科毕业去日本留学有两种途径：一是申请语言学校；二是申请研究生课程（相当于硕士预科）。如果现在还没有开始准备语言，就建议开始申请语言学校。